Die Hauptunterschied zwischen Exom und Transkriptom ist, dass die Exom ist die vollständige Sequenz aller Exons in proteinkodierenden Genen im Genom, während das Transkriptom die Sammlung von Boten-RNA-Molekülen ist, die von proteinkodierenden Genen abgeleitet sind. Darüber hinaus deckt das Exom 1-2% der gesamten Genomsequenz ab, während das Transkriptom weniger als 4% der gesamten RNA der Zelle ausmacht.

Exom und Transkriptom sind zwei Sammlungen von Sequenzen in proteinkodierenden Genen im Genom. Beide haben vielfältige Anwendungen in Genomstudien sowie in der Krankheitsdiagnose.

Abgedeckte Schlüsselbereiche

1. Was ist Exome? – Definition, Fakten, Techniken 2. Was ist Transkriptom? – Definition, Fakten, Techniken 3. Was sind die Ähnlichkeiten zwischen Exom und Transkriptom? – Überblick über die gemeinsamen Funktionen 4. Was ist der Unterschied zwischen Exom und Transkriptom? – Vergleich der wichtigsten Unterschiede

Schlüsselbegriffe

Exon, Exom, mRNA, Protein-kodierende Gene, Transkriptom

Was ist Exome?

Das Exom ist die Sammlung von Exons in den proteinkodierenden Genen des Genoms eines bestimmten Organismus. Die kodierende Sequenz des Genoms ist in Gene geclustert, die entweder für Proteine ​​oder RNA kodiert sein können. Im prokaryontischen Genom wird die kodierende Sequenz nicht durch andere Sequenzen unterbrochen, während im eukaryontischen Genom die kodierende Sequenz des Gens durch nicht-kodierende Sequenzen, die Introns genannt werden, unterbrochen wird. Daher werden die geclusterten kodierenden Sequenzen Exons genannt.

Abbildung 1: Exons und Introns

In proteinkodierenden Genen transkribiert die RNA-Polymerase während der Transkription sowohl Introns als auch Exons in die Vorläufer-mRNA. Die eingebauten Introns werden während der folgenden posttranskriptionellen Modifikationen entfernt. Die Haupttechnologie, die bei der Untersuchung des Exoms verwendet wird, ist die Sequenzierung des gesamten Exoms (WES). WES ist an der Hybridisierung der fragmentierten DNA eines bestimmten Genoms beteiligt, um die Ziel-DNA-Sequenzen zu identifizieren, gefolgt von der Sequenzierung.

Was ist Transkriptom?

Transkriptom ist der gesamte Satz von mRNAs, die in einer Zelle exprimiert werden. Es macht weniger als 4% der gesamten RNA der Zelle aus. Da das Transkriptom die Zusammensetzung des Proteoms spezifiziert, bestimmt es die biochemische Kapazität dieser bestimmten Zelle. Außerdem kann das Transkriptom einer bestimmten Zelle nicht synthetisiert werden und kommt während der Zellteilung immer von der Mutterzelle zur Tochterzelle. Somit ist die Transkription, der Prozess der RNA-Produktion, der Schritt zur Aufrechterhaltung des Transkriptoms.

Abbildung 2: Transkriptom einer pluripotenten Zelle

Auf der anderen Seite, obwohl jede Zelle Informationen für die Produktion des gesamten Transkriptoms der Spezies enthält, hängen die exprimierenden Gene in der Zelle auch von den Umweltfaktoren ab. Die beiden Haupttechnologien, die bei der Untersuchung von Transkriptomen verwendet werden, sind Microarray und RNA-seq.

Ähnlichkeiten zwischen Exom und Transkriptom

Unterschied zwischen Exom und Transkriptom

Definition

Exom bezeichnet den Teil des Genoms, der aus Exons besteht, die Informationen für die Proteinsynthese kodieren, während Transkriptom sich auf die Summe aller Boten-RNA-Moleküle bezieht, die in den Genen eines Organismus exprimiert werden. Der Hauptunterschied zwischen Exom und Transkriptom ist daher aus dieser Definition selbsterklärend.

Bedeutung

Daher ist das Exom der Gesamtsatz der Exons in den Protein-kodierenden Genen, während das Transkriptom der Gesamtsatz der in der Zelle exprimierten mRNAs ist.

DNA oder RNA

Außerdem besteht das Exom aus DNA, während das Transkriptom aus RNA besteht.

Betragen

Das Exom macht 1-2% des Gesamtgenoms aus, während das Transkriptom weniger als 4% der Gesamt-RNA der Zelle ausmacht.

Niveau

Ein weiterer Unterschied zwischen Exom und Transkriptom besteht darin, dass sich das Exom auf der genomischen Ebene befindet, während sich das Transkriptom auf der Transkriptionsebene befindet.

Techniken

Darüber hinaus ist die Whole-Exom-Sequenzierung die Methode zur Bestimmung des Exoms, während Microarray und RNA-seq das Transkriptom bestimmen.

Abschluss

Das Exom ist der gesamte Satz von Exons im Genom, der durch die WES des Genoms bestimmt wird. Daher ist Exom ein DNA-basiertes Konzept. Transkriptom ist jedoch ein RNA-basiertes Konzept, da es sich um den gesamten Satz von mRNAs der Zelle handelt. Der Hauptunterschied zwischen Exom und Transkriptom ist ihr Konzept.

Referenz:

1. Warr, Amanda et al. „Exome-Sequenzierung: Aktuelle und zukünftige Perspektiven.“ G3: Gene|Genome|Genetik 5.8 (2015): 1543–1550. PMC. Netz. 6. September 2018. Hier erhältlich2. Brauner TA. Genome. 2. Auflage. Oxford: Wiley-Liss; 2002. Kapitel 3, Transkriptome und Proteome. Hier verfügbar

Bild mit freundlicher Genehmigung:

1. „DNA-Exons-Introns“ Von National Human Genome Research Institute – (Public Domain) über Commons Wikimedia 2. „Das Transkriptom pluripotenter Zellen“ Von Grskovic, M. und Ramalho-Santos, M., Das pluripotente Transkriptom (10. Oktober) 2008), StemBook, hrsg. The Stem Cell Research Community, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. – [1] DirectStemBook Figure 2 Das Transkriptom pluripotenter Zellen. Grskovic, M. und Ramalho-Santos, M., Das pluripotente Transkriptom (10. Oktober 2008), StemBook, hrsg. The Stem Cell Research Community, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. (CC BY 3.0) über Commons Wikimedia