Die Hauptunterschied zwischen Kolonie- und Plaque-Hybridisierung besteht darin, dass die Koloniehybridisierung ist das Verfahren, das bei der Selektion von Bakterienkolonien mit den gewünschten Genen verwendet wird, während die Plaque-Hybridisierung das Selektionsverfahren von Phagen mit gewünschten Genen ist. Darüber hinaus kann die Koloniehybridisierung beim Screening von Plasmid- oder Cosmid-basierten Bibliotheken verwendet werden, während die Plaque-Hybridisierung beim Screening von Phagenbibliotheken verwendet werden kann.

Kolonie- und Plaque-Hybridisierung sind zwei Techniken, die beim Screening von genomischen oder cDNA-Bibliotheken verwendet werden. Sie heißen auch kolonie heben und Plaquelift bzw.

Kolonie, Koloniehybridisierung, Bibliotheksscreening, Plaque, Plaque-Hybridisierung

Was ist Koloniehybridisierung?

Koloniehybridisierung ist ein Screening-Verfahren, das bei der Selektion von Bakterienkolonien mit einer gewünschten DNA-Sequenz verwendet wird. Es heißt auch Kolonie-Blot-Hybridisierung, Kolonie-Lift oder Replikatbeschichtung. Es ermöglicht das Screening von Kolonien, die mit hoher Dichte plattiert wurden. Das ursprüngliche Verfahren der Koloniehybridisierung wurde zuerst von Grunstein und Hogness entwickelt. Zuerst können die Bakterienkolonien auf eine Membran transformiert werden und die Bakterienkolonien werden lysiert, wodurch die Nukleinsäuren freigelegt werden. Anschließend werden die exponierten Nukleinsäuren durch Denaturieren auf der Membran fixiert und mit den radioaktiven Sonden hybridisiert.

Abbildung 1: Koloniehybridisierungsmethode

Eine Kolonie ist eine Ansammlung von Bakterien, die sich aus einer einzelnen Bakterienzelle durch die ungeschlechtliche Fortpflanzung entwickelt. Daher besitzen alle Bakterienzellen einer bestimmten Kolonie die gleiche genetische Ausstattung sowie das transformierte genetische Material. Im Allgemeinen werden Bakterien mit Hilfe von Plasmid- oder Cosmidvektoren transformiert.

Was ist Plaque-Hybridisierung?

Plaque-Hybridisierung ist das Screening-Verfahren für rekombinante Phagen. Es ist eine Modifikation der Koloniehybridisierung von Benton und Devis aus dem Jahr 1977. Die Methode wird auch als bezeichnet Plaquelift. Das Plaque-Hybridisierungsverfahren ist dem Kolonie-Hybridisierungsverfahren ähnlich und die Plaques werden abgehoben, indem sie mit einer Nitrozellulosemembran in Kontakt gebracht werden. Nukleinsäuren werden dann exponiert und auf der Membran fixiert, wobei sie mit den gewünschten Sonden hybridisieren.

Abbildung 2: Plaques auf einer Agarplatte

Ein Plaque ist eine klare Zone auf einer Agarplatte, die von einem bestimmten Bakteriophagen durch die Lyse von Bakterienzellen in diesem Bereich erzeugt wird. Aufgrund der geringeren DNA-Menge, die auf die Nitrozellulosemembran übertragen wird, erzeugt die Plaque-Hybridisierung weniger Hintergrundsignale.

Ähnlichkeiten zwischen Kolonie- und Plaque-Hybridisierung

Unterschied zwischen Kolonie- und Plaque-Hybridisierung

Definition

Koloniehybridisierung bezieht sich auf ein Verfahren zur Selektion von Bakterienkolonien mit gewünschten Genen, während sich Plaquehybridisierung auf ein Screeningverfahren bezieht, das bei der Identifizierung rekombinanter Phagen verwendet wird.

Entwickelt von

Die Koloniehybridisierung wurde erstmals von Grunstein und Hogness entwickelt, während die Plaque-Hybridisierung erstmals 1977 von Benton und Devis entwickelt wurde.

Arten von Bibliotheken

Koloniehybridisierung beinhaltet die Identifizierung von Plasmid- oder Cosmid-basierten Bibliotheken, während Plaquehybridisierung die Identifizierung von Phagenbibliotheken beinhaltet.

Anzahl der Aufzüge

Kolonien können einmal angehoben werden, während Plaques mehrmals angehoben werden können.

Hintergrundsignale

Abschluss

Die Koloniehybridisierung ist ein Screening-Verfahren von Bakterienkolonien in den Bibliotheken, die mit Plasmid- oder Cosmidvektoren hergestellt wurden. Andererseits ist die Plaque-Hybridisierung ein Screening-Verfahren von Bakteriophagen in den Phagenbibliotheken. Der Hauptunterschied zwischen Kolonie- und Plaque-Hybridisierung ist die Art der Bibliotheken, die bei jedem Verfahren gescreent werden.

Referenz:

1. Kaksonen, Anna. "Molekulare Ansätze für die Analyse mikrobieller Gemeinschaften." Auslaugen – BioMineWiki, 20. April 2006, hier verfügbar2. Dale, J. W. und P. J. Greenaway. „Identifizierung rekombinanter Phagen durch Plaque-Hybridisierung.“ Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), U.S. National Library of Medicine, hier erhältlich

Bild mit freundlicher Genehmigung:

1. „Blot-Hybridisierung“ von Kaksonen – http://wiki.biomine.skelleftea.se/biomine/molecular/index_22.htm (Public Domain) über Commons Wikimedia 2. „M. smegmatis-Plaque” Von Wazzzup7up – Eigene Arbeit (Public Domain) über Commons Wikimedia