Die Hauptunterschied zwischen RNA-Seq und Microarray ist, dass die RNA Seq (RNA Sequencing) ermöglicht die Analyse neuartiger RNA und RNA-Varianten, während das Microarray die Analyse des Transkriptoms unter Verwendung bekannter RNA-Sonden ermöglicht. Darüber hinaus ist RNA Seq eine sequenzierungsbasierte Technik, während Microarray auf Hybridisierung basiert.

RNA-Seq und Microarray sind zwei Techniken zur Analyse der Transkriptom, die die gesamte von einem Organismus exprimierte mRNA ist. Sie ermöglichen die Bestimmung der Arten von RNA-Molekülen, die in einem definierten zellulären Stadium gebildet werden.

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Was ist RNA-Seq

RNA-Sequenz (RNA-Sequenzierung) ist eine Technik, die die Sequenz von RNA-Molekülen in einer Probe bestimmt. RNA Seq beinhaltet die Hochdurchsatz-Shotgun-Sequenzierung von cDNA-Molekülen. cDNA wird aus der reversen Transkription der RNA-Moleküle gewonnen. Beim Next-Generation-Sequencing wird die Sequenz der cDNA bestimmt. RNA Seq ermöglicht die Bestimmung der RNA-Sequenz und ihrer relativen Häufigkeit.

Abbildung 1: RNA-Seq-Prozess

RNA Seq ist eine äußerst zuverlässige Technik mit einem breiten Empfindlichkeitsbereich. Daher kann es seltene und selten vorkommende RNA-Sequenzen nachweisen. Das einzigartige Merkmal von RNA Seq ist seine Fähigkeit, neue RNA-Sequenzen und die Spleißvarianten zu identifizieren.

Was ist Microarray?

Microarray ist eine weit verbreitete Technik, um die Genexpression eines bestimmten Organismus zu analysieren. Es verwendet definierte Sonden, die mit den RNA-Molekülen in der Probe hybridisiert werden. Die einzelsträngigen Sonden werden an einer festen Oberfläche befestigt, die als Chip bekannt ist, mit der die fluoreszenzmarkierte RNA-Probe hybridisiert wird. Genomsequenzierungsdaten können verwendet werden, um Sonden zu entwerfen.

Abbildung 2: Microarray-Prozess

Für ein schnelles und einfaches Experiment ist Microarray die beste Technik in der Genexpressionsanalyse. Die Sonden müssen aber so konstruiert sein, dass sie auch Spleißvarianten erkennen.

Ähnlichkeiten zwischen RNA-Seq und Microarray

Unterschied zwischen RNA-Seq und Microarray

Definition

Die RNA-Seq bezieht sich auf eine sequenzierungsbasierte Technik, die die RNA-Sequenzen in einer Probe erkennt, während sich der Microarray auf eine Hybridisierungs-basierte Technik bezieht, die verwendet wird, um das Vorhandensein spezifischer RNA-Sequenzen in einer Probe nachzuweisen.

Beyogen auf

RNA Seq ist eine sequenzierungsbasierte Technik, während Microarray eine Hybridisierungs-basierte Technik ist, die mit vorhandenen Sonden durchgeführt wird.

Identifizieren neuer Sequenzen

Die RNA-Seq kann neue RNA-Sequenzen identifizieren, die in einer Probe vorhanden sind, während Microarray nur bekannte Sequenzen identifizieren kann.

Empfindlichkeit

Die Sensitivität von RNA Seq ist hoch, während die Sensitivität von Microarray vergleichsweise gering ist.

Genauigkeit

Die Genauigkeit der RNA-Seq-Daten ist hoch, während die Genauigkeit der Microarray-Daten vergleichsweise gering ist.

SNP-Erkennung

RNA Seq kann SNP mit Ausnahme von de novo SNPs für RNAs mit geringer Häufigkeit identifizieren, während Microarray SNPs nicht erkennen kann.

Kosten

Die RNA-Seq ist aufgrund der umfangreichen bioinformatischen Analyse, die für die Methode erforderlich ist, teuer (300-1000 US-Dollar/Probe), während Microarray weniger teuer ist (100-200 US-Dollar/Probe).

Abschluss

RNA Seq ist eine sequenzierungsbasierte Technik, die verwendet wird, um die im Transkriptom vorhandenen RNA-Sequenzen zu bestimmen, während Microarray spezifische Sonden verwendet, um das Vorhandensein bestimmter Sequenzen im Transkriptom nachzuweisen. Microarray kann keine neuen RNA-Sequenzen sowie weniger häufig vorkommende RNA-Sequenzen nachweisen. In RNA Seq können jedoch alle RNA-Sequenzen innerhalb der Probe identifiziert werden. Daher besteht der Hauptunterschied zwischen RNA Seq und Microarray in der Art der Detektion.

Referenz:

1. Kukurba, Kimberly R. und Stephen B. Montgomery. "RNA-Sequenzierung und -Analyse." Cold Spring Harbor-Protokolle 2015.11 (2015): 951–969. PMC. Netz. 3. Juli 2018, hier verfügbar2. Govindarajan, Rajeshwar et al. „Microarray und seine Anwendungen.“ Journal of Pharmacy & Bioallied Sciences 4.Suppl 2 (2012): S310–S312. PMC. Netz. 3. Juli 2018, hier erhältlich

Bild mit freundlicher Genehmigung:

1. „Zusammenfassung der RNA-Seq“ von Thomas Shafee – Eigene Arbeit (CC BY 4.0) über Commons Wikimedia2. „Zusammenfassung des RNA-Mikroarrays“ von Thomas Shafee – Eigene Arbeit (CC BY 4.0) über Commons Wikimedia