Die Hauptunterschied zwischen RAPD und RFLP ist das RAPD ist eine Art von PCR, die zufällige DNA-Fragmente in einer großen Matrize unter Verwendung kurzer Primer amplifiziert, während bei RFLP ein oder mehrere Restriktionsenzyme die DNA-Probe verdauen und Restriktionsfragmente produzieren, die dann durch Gelelektrophorese getrennt werden. Daher erfordert RADP nur eine geringe DNA-Menge für den Assay, während RFLP eine große DNA-Menge erfordert. Darüber hinaus ist RAPD ein schneller Prozess, der 1-10 Loci erkennen kann, während RFLP ein langsamerer Prozess ist, der nur 1-3 Loci erkennen kann. Darüber hinaus ist RAPD nicht in der Lage, allelische Varianten zu erkennen, während RFLP allelische Varianten erkennen kann.

RAPD (random amplified polymorphic DNA) und RFLP (Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus) sind zwei Techniken in der Molekularbiologie zum Nachweis genetischer Marker, bei denen es sich um kurze DNA-Sequenzen handelt, die Variationen in homologer DNA ausnutzen.

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Was ist RAPD

RAPD oder zufällig amplifizierte polymorphe DNA ist eine schnelle, PCR-basierte Methode zum Nachweis von DNA-Variationen. Zwei Laboratorien (Williams et al., 1990; Welsh und McClelland, 1990) haben die Technik unabhängig voneinander entwickelt. Darüber hinaus verwendet RAPD einen einzelnen, willkürlichen Primer für die Amplifikation vieler diskreter DNA-Produkte. Die Schritte bei RAPD sind wie folgt:

1. DNA-Extraktion
2. Amplifikation durch Zufallsprimer
3. Gelelektrophorese und Visualisierung von Markern

   

   Abbildung 1: Salatvielfalt durch RAPD-Marker

Darüber hinaus kann durch Auflösen der resultierenden Muster ein semi-eindeutiges DNA-Profil einer bestimmten DNA-Probe erzeugt werden. Aufgrund der geringeren Spezifität des im Assay verwendeten Zufallsprimers kann vergleichsweise eine höhere Anzahl von Loci pro Zufallsprimer amplifiziert werden. RAPD ist jedoch eine wichtige Technik für Genkartierung, Populationsgenetik, molekulare Evolutionsgenetik, Tier- und Pflanzenzüchtung usw. Darüber hinaus ist es für Anfänger in Bezug auf Geschwindigkeit, Kosten, Effizienz sowie die Anzahl der erzeugten Marker von entscheidender Bedeutung.

Was ist RFLP

RFLP oder Restriktionslängenpolymorphismus ist ein Verfahren, das die Variation in homologer DNA ausnutzt. Es ist auch ein bekanntes Verfahren für seine Unterscheidungskraft. Da RFLP jedoch ein nicht-PCR-basiertes Verfahren ist, verwendet es Restriktionsenzyme zur Erzeugung von Fragmenten des Genoms. Darüber hinaus erkennt RFLP die Längenvariationen von Restriktionsfragmenten zwischen Individuen. Die drei Schritte bei RFLP sind wie folgt:

1. Restriktionsverdauung von DNA
2. Gelelektrophorese
3. Southern-Blotting durch spezifische Sonden und Detektion

   

   Abbildung 2: Nachweis von Allelvarianten durch RFLP

Ähnlichkeiten zwischen RAPD und RFLP

Unterschied zwischen RAPD und RFLP

Definition

RAPD (random amplified polymorphic DNA) bezieht sich auf eine PCR-basierte Technik zur Identifizierung genetischer Variation, während RFLP (Restriktionsfragmentlängen-Polymorphismus) sich auf eine molekulare Methode der genetischen Analyse bezieht, die es ermöglicht, Individuen basierend auf einzigartigen Mustern des Restriktionsenzymschnitts zu identifizieren bestimmte DNA-Regionen.

Art der Methode

Methode

Während RAPD die Amplifikation genetischer Marker in einem Genom unter Verwendung von Zufallsprimern beinhaltet, beinhaltet RFLP den Restriktionsverdau der genomischen DNA.

DNA-Menge

Außerdem benötigt RAPD eine geringe DNA-Menge (10-50 ng) für die Analyse, während RFLP eine vergleichsweise große DNA-Menge (2-10 µg) benötigt.

Spezifität für Arten

RAPD verwendet Zufallsprimer, die für jede Spezies universell sind, während RFLP verschiedene speziesspezifische Sonden verwendet.

Effizienz

Darüber hinaus hat RAPD weniger Schritte und ist ein schneller Prozess, während RFLP mehr Schritte hat, da es ein langsamer Prozess ist.

Zuverlässigkeit

RAPD ist weniger zuverlässig, während RFLP zuverlässiger ist.

Erkennungskapazität

Ein weiterer Unterschied zwischen RAPD und RFLP besteht darin, dass RAPD 1-10 Loci erkennen kann, während RFLP nur 1-3 Loci erkennen kann.

Nachweis von Allelvarianten

Darüber hinaus ist RAPD nicht in der Lage, allelische Varianten zu erkennen, während RFLP allelische Varianten erkennen kann.

Bedeutung

RAPD ist eine wichtige Technik für die Genkartierung, Populationsgenetik, molekulare Evolutionsgenetik, Tier- und Pflanzenzüchtung usw. während RFLP für die Genotypisierung, Forensik, Vaterschaftstests, die Erkennung von Mustern bei Erbkrankheiten und die Erkennung von Krankheitsüberträgern wichtig ist.

Abschluss

RAPD ist eine PCR-basierte Technik zum Nachweis genetischer Marker, die in einem Genom vorhanden sind. Darüber hinaus verwendet es Zufallsprimer für die Amplifikation dieser Marker. Da es sich bei RAPD um eine PCR-basierte Technik handelt, wird nur eine geringe DNA-Menge benötigt. Darüber hinaus handelt es sich um eine schnelle Methode, die jedoch keine Allelvarianten erkennen kann. Im Gegensatz dazu ist RFLP eine nicht-PCR-basierte Methode, die DNA-Variationen innerhalb eines Genoms erkennt. Es verwendet jedoch Restriktionsverdau von DNA, Southern-Blotting und den Nachweis von Sequenzen unter Verwendung spezifischer Sonden. Daher ist es eine zuverlässigere Methode. Dafür ist jedoch eine große Menge DNA erforderlich. Daher ist der Hauptunterschied zwischen RAPD und RFLP das Verfahren und die Bedeutung.

Verweise:

1. „Zufällig amplifizierte polymorphe DNA (RAPD).“ National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine, hier verfügbar.2. „Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus (RFLP).“ National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine, hier verfügbar.

Bild mit freundlicher Genehmigung:

1. „RAPD“ Von Llull~commonswiki angenommen – Eigene Arbeit angenommen (Public Domain) über Commons Wikimedia 2. „RFLP-Figur“ Von Kenneth.jh.han – Eigene Arbeit (CC BY-SA 3.0) über Commons Wikimedia